UPTD Pelabuhan Perikanan Tengkayu II mempunyai tugas menyelenggarakan sebagian kegiatan teknis operasional dan/atau kegiatan teknis penunjang Dinas Kelautan dan Perikanan Provinsi Kalimantan Utara dalam pengelolaan pelabuhan perikanan, kesyahbandaran, serta pelayanan publik kepada nelayan dan pelaku usaha perikanan.